Самые интересные экспозиционные залы Каирского музея расположены на втором этаже. Там же находится и несомненная жемчужина музея — коллекция Тутанхамона. Этот мальчик-фараон прославился только тем, что его гробница, одна из немногочисленных царских усыпальниц, была обнаружена археологами в целости и сохранности. На примере этой коллекции можно восстановить практически полную картину захоронения фараонов в Древнем Египте.

Экспозиция занимает значительную часть этажа и включает в себя множество диковинных вещей, в том числе знаменитую посмертную золотую маску Тутанхамона, которая известна практически каждому. Там же расположен весь колоссальный скарб, который был положен для захоронения каждого зажиточного египтянина, и, конечно, фараона. На примере экспозиции фараона Тутанхамона можно также убедиться, что привычную русскому человеку матрешку придумали совсем не русские умельцы, а древние египтяне, обустраивая похороны своих вельмож. Этот принцип «матрешки» был использован, когда мумифицированные останки человека укладывали последовательно в несколько гробов (для Тутанхамона их сделали три), которые были поставлены один в другой. В первом из них сохранялась мумия, он был наиболее богатый и ценный. Затем все эти гробы — по такому же принципу матрешки — были уложены в особые погребальные сундуки-раки. Их тоже было несколько.

Яркие погребальные ритуалы Древнего Египта можно увидеть и в небольшой экспозиции, выставленной в зале №14. Здесь находятся фаюмские портреты — уникальнейший вид древнеегипетского искусства. Их нашли в оазисе Фаюм при раскопках некрополя. Портреты датируются I-III вв. н. э. Их рисовали на деревянных досках при помощи воска, в натуральную величину, еще при жизни человека. Эти портреты выглядят невероятно реалистично. После смерти человека полотно вкладывали между бинтами мумии, заменяя лицо.

Рядом с этой экспозицией расположены четыре зала: древнеегипетского ювелирного искусства, царских мумий, моделей Среднего царства и мумий животных. Все мумии представляют собой весьма своеобразное зрелище: пустые оболочки, иссушенные ветрами пустыни, в которых когда-то обитала жизнь.