В Египет христианство принес апостол Марк еще в I веке. Он был родоначальником Александрийской патриархии, которая вскоре стала центром христианства в Египте. По своей значимости патриарх Александрийский до 381 года был равен римскому Великому понтифику, затем занял второе место за Патриархом Константинопольским.
Адепты идеи о единосущностной божественной природы Иисуса Христа — монофизиты-копты — в V веке откололись от Патриархии и стали отдельным направлением христианства.
Церковь Эль-Муалляка впервые упоминается в IX веке, а спустя два столетия сюда из Александрии переместился патриарший престол. До XIV века здесь избирали и возводили на престол патриархов. Шенуда III, глава коптской церкви, носит сейчас титул «Папы Александрийского».
Эль-Муалляка представляет собой классическую ранневизантийскую базилику, в которой вместо традиционных трех ведущих к алтарю нефов — их четыре. Еще один неф возник намного позже основного помещения. На месте разрушенного здания IV века в IX веке появилось второе, но тоже не сохранилось. Самая древняя часть здания — часовня Таклы Хайманота (или Текле Хаманута), эфиопского святого XIII века. Она была построена над башней римских ворот, очертания которой и повторяет. Затем к ней пристроили покои церковных иерархов — «патриаршьи кельи». Основным убранством храма является резной иконостас, настенные росписи, мозаики, мраморная кафедра, датируемые XII—XIII вв.
