Культ животных был повсеместно распространен в Древнем Египте. Большинство богов изображались в виде или с головой какого-либо животного. К числу таких относится и повелитель воды Себек. Себек изображался в виде крокодила с короной или с головой крокодила на теле человека. Культ крокодила процветал в прибрежных районах Нила в основном в северной части страны. Самое большое количество храмов Себека встречается к югу от Фив.Храмы бога-крокодила строились на берегах. Ежегодно Себеку приносились в жертву сотни молодых девушек. После совершения жертвоприношения проводились празднования, являвшиеся отчасти мистическими. В тех случаях, если какого-либо человека съедал крокодил и его тело находили в водах Нила, то умерший хоронился с большими почестями. Причем похороны осуществлялись исключительно жрецами храмов Себека, остальным категорически запрещалось даже прикасаться к нему, дабы не осквернить.
Крокодилы в Древнем Египте содержались в великолепных условиях. На животных в знак великого почета и поклонения надевали украшения из золота. За питанием крокодилов тщательно следили жрецы храмов Себека. После смерти трупы крокодилов проходили процесс мумификации и затем их хоронили с великими почестями, о чем свидетельствуют многочисленные раскопки. Пещеры, где находятся забальзамированные крокодилы, ежегодно привлекают большое количество туристов.
Культ крокодила достиг своего расцвета в эпоху Среднего царства. В то время многие фараоны в обязательном порядке включали в свое имя название бога воды Себека. Считалось, что это значительно увеличивает их силу и власть. Упоминание крокодила очень часто встречается в египетской мифологии, в частности, в известном мифе об Осирисе. Согласно легендам, Себек сражался с темными силами, олицетворяемыми подземным богом Сетом, на стороне бога солнца лучезарного Ра. Себек считался богом не только воды, но и урожая, плодородия. Ведь именно в периоды разлива Нила на свет появлялись новые крокодильчики. Изображение некоторых частей тела крокодилов встречается даже в иероглифических символах.
В мифах Себек обычно упоминается в единственном числе, то есть он не имел традиционно присущей другим божествам триады. В письменных источниках встречается также упоминание женского олицетворения повелителя воды – богини Себекет.