В Египте большинство районов, особенно западных, лишено почвенного покрова, там преобладают каменистые поверхности и подвижные либо полузакрепленные пески. В местах, где выпадают осадки, и может произрастать скудная растительность, формируются скелетные почвы. Самыми развитыми типами почв являются желто-бурые пустынные, такыры, такыровидные сероземы, средиземноморские пустынно-степные, солончаки, а в дельте Нила — болотно-луговые и болотные. По берегам Нила находятся самые плодородные аллювиальные почвы.
В большей части Египта отсутствует естественный растительный покров. В пустынях в период зимних дождей местами появляются эфемеры (ирисы, маки, лютики). Пустынную и полупустынную растительность составляют ксерофильные кустарники, акации, злаки. В Средиземноморье более богатая флора — ковыль, верблюжья колючка, шиповник, степной лук, астрагал и др. Естественная растительность в оазисах и долине Нила вытеснена культурной (хлопком, плантациями финиковой пальмы, зерновыми).
Животный мир самый богатый в дельте Нила. Здесь много птиц, постоянно живущих и прилетающих из Европы на зимовку (аисты, цапли, фламинго, дикие утки, пеликаны и др.). В Ниле обитает нильский окунь, сом, балти, тигровая рыба и др. В полупустынях и пустынях множество пресмыкающихся (змей, ящериц), насекомых, отдельных видов млекопитающих (гиена, шакал и др.). Крестьяне разводят верблюдов, крупный рогатый скот, лошадей овец и ослов.